L’omessa presentazione della dichiarazione annuale IVA diventa molto più difficile da gestire come una semplice irregolarità dichiarativa. Con il Provvedimento dell’Agenzia delle Entrate n. 239129 del 28 agosto 2026 sono state infatti definite le modalità operative del nuovo articolo 54-bis.1 del D.P.R. n. 633/1972, introdotto dalla Legge n. 199/2025. L’Amministrazione finanziaria può ora ricostruire e liquidare l’IVA dovuta anche attraverso procedure automatizzate, utilizzando le informazioni già presenti nelle proprie banche dati. 

Il cambiamento è sostanziale. Fatture elettroniche, corrispettivi telematici, comunicazioni delle liquidazioni periodiche IVA e versamenti effettuati permettono al Fisco di ricostruire il debito anche quando manca proprio il documento che normalmente dovrebbe riepilogare l’intero periodo d’imposta: la dichiarazione annuale IVA. Il provvedimento precisa inoltre che questa liquidazione automatizzata non preclude una successiva e più ampia attività di accertamento. 

Per imprese e professionisti diventa quindi essenziale distinguere tra una dichiarazione semplicemente tardiva e una dichiarazione ormai omessa, controllare con attenzione i dati presenti nei sistemi dell’Agenzia e, soprattutto, utilizzare correttamente i 60 giorni successivi alla comunicazione: è in questa finestra temporale che possono essere prodotti chiarimenti, corretti eventuali errori nella ricostruzione e, quando il debito è effettivamente dovuto, ottenuta una rilevante riduzione della sanzione.

1. Quando la dichiarazione IVA è considerata omessa e cosa cambia con il nuovo articolo 54-bis.1

La dichiarazione IVA presentata entro 90 giorni dalla scadenza ordinaria è considerata tardiva ma valida, ferma restando l’applicazione delle relative sanzioni. Una dichiarazione presentata oltre tale limite è invece considerata omessa.

La nuova procedura interviene proprio in presenza dell’omissione.

Il Provvedimento del 28 agosto 2026 stabilisce che, quando la dichiarazione annuale IVA non viene presentata, l’Agenzia delle Entrate può procedere direttamente alla liquidazione dell’imposta anche attraverso procedure automatizzate. La liquidazione può essere eseguita entro il termine previsto dall’articolo 57, comma 2, del D.P.R. n. 633/1972; nelle motivazioni del provvedimento viene precisato il riferimento al 31 dicembre del settimo anno successivo a quello in cui la dichiarazione avrebbe dovuto essere presentata. 

C’è inoltre un punto particolarmente importante: ai fini di questa procedura viene considerata omessa anche la dichiarazione formalmente trasmessa ma completamente priva dei dati relativi alle operazioni attive necessari per determinare il volume d’affari e liquidare l’imposta. 

Non è quindi sufficiente aver trasmesso telematicamente un file per escludere automaticamente l’omissione.

La novità modifica soprattutto il rapporto tra dichiarazione omessa e potere di riscossione. In passato l’assenza della dichiarazione rendeva normalmente necessaria una più articolata attività di ricostruzione. Oggi l’enorme quantità di informazioni già disponibili consente invece all’Agenzia di partire direttamente dai dati digitali trasmessi dallo stesso contribuente o dai suoi fornitori.

In altri termini, l’omessa dichiarazione non significa più assenza di dati per il Fisco.

2. Come l’Agenzia ricostruisce l’IVA: fatture, corrispettivi, LIPE e versamenti

La parte più innovativa della procedura riguarda il metodo di calcolo.

Secondo il Provvedimento n. 239129/2026, possono essere utilizzati:

• fatture elettroniche emesse;
• fatture elettroniche ricevute;
• corrispettivi telematici;
• comunicazioni delle liquidazioni periodiche IVA;
• versamenti IVA effettuati nel periodo d’imposta interessato. 

Il meccanismo può essere sintetizzato nella seguente formula:

IVA a debito ricostruita
– IVA a credito rilevabile
– versamenti IVA effettuati
= IVA ancora dovuta

Se, ad esempio, dalle fatture elettroniche e dai corrispettivi risultano 90.000 euro di IVA a debito, mentre dalle fatture elettroniche ricevute emergono 55.000 euro di IVA detraibile e risultano già effettuati versamenti per 20.000 euro, la base della liquidazione sarà:

90.000 – 55.000 – 20.000 = 15.000 euro.

Il sistema non considera, però, indiscriminatamente tutti gli elementi che il contribuente avrebbe potuto indicare in dichiarazione.

Il provvedimento stabilisce espressamente che non viene considerato il credito risultante dalla dichiarazione relativa al periodo d’imposta precedente. 

Si tratta di uno dei punti più delicati della nuova procedura.

Supponiamo che l’impresa abbia:

IVA dovuta ricostruita: 40.000 euro

e un credito IVA proveniente dall’anno precedente pari a:

25.000 euro.

Nella liquidazione automatizzata quei 25.000 euro non vengono automaticamente sottratti.

Questo non significa necessariamente che un credito IVA sostanzialmente esistente venga definitivamente perduto. La giurisprudenza ha da tempo distinto l’omissione dichiarativa dall’esistenza sostanziale del diritto alla detrazione; tuttavia è il contribuente che deve essere in grado di dimostrarne esistenza, maturazione e spettanza, utilizzando la fase di interlocuzione con l’Amministrazione.

È proprio questo uno dei motivi per cui la comunicazione ricevuta non dovrebbe essere pagata automaticamente senza una preventiva riconciliazione con la contabilità IVA.

3. La comunicazione dell’Agenzia e i 60 giorni decisivi per contestare il calcolo

Quando dalla liquidazione emerge un’imposta da versare, l’Agenzia comunica al contribuente le risultanze del controllo.

La comunicazione viene trasmessa mediante PEC all’indirizzo risultante dall’INI-PEC oppure al domicilio digitale speciale eventualmente eletto. Quando il recapito elettronico non riesce, è prevista la spedizione mediante raccomandata con avviso di ricevimento. 

La comunicazione, accompagnata dal prospetto analitico delle fatture elettroniche e dei corrispettivi considerati, viene inoltre resa disponibile nella sezione “L’Agenzia scrive” del Cassetto fiscale. 

Dal ricevimento decorre un termine fondamentale:

60 giorni.

Entro questo periodo il contribuente può segnalare:

• fatture considerate erroneamente;
• dati duplicati;
• operazioni annullate;
• note di credito;
• IVA a credito non correttamente acquisita;
• elementi non presenti nelle banche dati;
• versamenti non correttamente abbinati;
• altre circostanze che incidono sulla determinazione dell’imposta. 

L’attività di assistenza è attribuita alla Direzione Provinciale competente in base al domicilio fiscale che il contribuente aveva quando la dichiarazione avrebbe dovuto essere presentata; per i contribuenti con volume d’affari, ricavi o compensi non inferiori a 100 milioni di euro resta la competenza della Direzione Regionale. 

Operativamente, alla ricezione della comunicazione è quindi opportuno costruire immediatamente una riconciliazione IVA analitica:

fatture emesse + corrispettivi → IVA a debito;
fatture ricevute → IVA detraibile;
LIPE → liquidazioni dichiarate;
F24 → versamenti eseguiti;
credito precedente → verifica separata;
note di variazione → verifica degli effetti.

Se, dopo i chiarimenti, l’Agenzia ridetermina le somme dovute, il nuovo termine di 60 giorni decorre dalla ricezione della comunicazione definitiva. 

Questo rende la fase di assistenza tutt’altro che formale: può incidere direttamente sull’importo da pagare.

4. Sanzione del 120%, interessi e pagamento entro 60 giorni: quanto può costare l’omissione

Sull’IVA risultante dalla liquidazione viene applicata la sanzione prevista dall’articolo 5 del D.Lgs. n. 471/1997 per l’omessa dichiarazione.

Il nuovo provvedimento indica:

sanzione amministrativa: 120% dell’imposta dovuta;

interessi per ritardata iscrizione a ruolo: 4% annuo. 

Il quadro cambia significativamente se il contribuente paga entro 60 giorni dalla comunicazione.

In questo caso:

la sanzione viene ridotta a un terzo, quindi il 120% diventa sostanzialmente:

120% ÷ 3 = 40% dell’imposta;

e gli interessi sono applicati nella misura del 3,5% secondo quanto precisato nelle motivazioni del provvedimento. 

Su un debito IVA di 50.000 euro, la sola sanzione può quindi passare da:

50.000 × 120% = 60.000 euro

a:

60.000 ÷ 3 = 20.000 euro.

La differenza è:

40.000 euro.

Il rispetto dei 60 giorni può quindi avere un peso economico enorme.

Esiste però un elemento molto importante da considerare nella programmazione finanziaria: il pagamento entro 60 giorni deve avvenire mediante F24 senza possibilità di compensazione e il provvedimento esclude anche la rateazione prevista dall’articolo 3-bis del D.Lgs. n. 462/1997. 

Non è quindi possibile, nell’ambito di questa specifica definizione, ipotizzare semplicemente:

“ho 40.000 euro di debito e 30.000 euro di credito fiscale, quindi verso soltanto 10.000 euro”.

La disponibilità finanziaria deve essere valutata in anticipo.

5. Se non si paga: iscrizione diretta a ruolo e strategia operativa per imprese e professionisti

Se il contribuente non paga entro i 60 giorni, l’Agenzia procede all’iscrizione diretta a ruolo a titolo definitivo dell’imposta, della sanzione in misura piena e degli interessi. 

Viene quindi perso il beneficio della riduzione della sanzione dal 120% al 40%.

Anche per le somme successivamente iscritte a ruolo il provvedimento esclude la compensazione prevista dall’articolo 31 del D.L. n. 78/2010. 

La nuova disciplina richiede quindi una procedura interna molto precisa.

Quando viene individuata una dichiarazione IVA non presentata, è opportuno controllare immediatamente:

1. se siano ancora aperti i 90 giorni per presentare una dichiarazione tardiva valida;

2. se la dichiarazione sia ormai giuridicamente omessa;

3. quali LIPE siano state trasmesse;

4. se tutte le fatture attive risultino correttamente nello SdI;

5. se siano stati trasmessi tutti i corrispettivi;

6. quali fatture passive siano effettivamente detraibili;

7. quali F24 siano stati pagati;

8. se esista un credito IVA proveniente dall’anno precedente;

9. se esistano operazioni particolari non ricostruibili automaticamente dai dati telematici;

10. se l’importo possa assumere anche rilevanza sotto il profilo penale tributario.

Quest’ultimo punto non deve essere sottovalutato. La nuova liquidazione automatizzata è una procedura amministrativa e non elimina l’eventuale applicazione della disciplina penale tributaria quando ricorrano i relativi presupposti.

La Cassazione penale ha recentemente ribadito, inoltre, la distinzione tra omessa dichiarazione e omesso versamento IVA: quando manca la dichiarazione annuale, non può automaticamente configurarsi il reato di omesso versamento fondato proprio sull’imposta risultante dalla dichiarazione, mentre può assumere rilievo, ricorrendone tutti gli elementi previsti dalla legge, il diverso reato di omessa dichiarazione. 

Per amministratori, imprenditori e professionisti è quindi necessario intervenire prima che una semplice omissione dichiarativa si trasformi contemporaneamente in un problema di riscossione, sanzioni e potenziale responsabilità personale.

6. Tre esempi pratici e numerici

Esempio 1 – Dichiarazione omessa con IVA residua di 20.000 euro

Una S.r.l. non presenta la dichiarazione IVA annuale.

Dai dati disponibili all’Agenzia risultano:

IVA su fatture e corrispettivi attivi: € 90.000

IVA detraibile da fatture passive e LIPE: € 50.000

versamenti IVA già effettuati: € 20.000

L’imposta residua viene ricostruita in:

90.000 – 50.000 – 20.000 = 20.000 euro.

Sanzione ordinaria del 120%:

20.000 × 120% = 24.000 euro.

Trascurando momentaneamente gli interessi, esposizione:

20.000 + 24.000 = 44.000 euro.

Se la società riceve la comunicazione e paga entro 60 giorni, la sanzione viene ridotta a un terzo:

24.000 ÷ 3 = 8.000 euro.

Esposizione prima degli interessi:

20.000 + 8.000 = 28.000 euro.

Risparmio sulla sola sanzione:

24.000 – 8.000 = 16.000 euro.

La differenza dimostra quanto possa essere economicamente importante non lasciare decorrere il termine dei 60 giorni. 

Esempio 2 – Credito IVA precedente non acquisito automaticamente

Una società omette la dichiarazione IVA relativa a un determinato periodo.

La liquidazione automatizzata produce:

IVA a debito ricostruita: € 70.000

IVA a credito dell’anno ricostruibile dai dati del periodo: € 30.000

versamenti effettuati: € 5.000

Risultato automatico:

70.000 – 30.000 – 5.000 = 35.000 euro.

La società aveva però maturato nell’anno precedente un credito IVA regolarmente risultante dalla relativa dichiarazione pari a:

€ 18.000.

Il nuovo provvedimento dispone espressamente che questo credito precedente non viene considerato nella liquidazione automatizzata. 

La comunicazione può quindi partire da:

35.000 euro

e non da:

35.000 – 18.000 = 17.000 euro.

La società non dovrebbe tuttavia limitarsi a pagare immediatamente i 35.000 euro.

Entro i 60 giorni deve verificare la possibilità di dimostrare documentalmente la spettanza e l’utilizzabilità del credito, producendo dichiarazione precedente, registri IVA, liquidazioni e ogni ulteriore elemento necessario.

L’esempio evidenzia un principio fondamentale della nuova disciplina: il calcolo automatizzato dell’Agenzia non deve essere confuso con la situazione IVA definitiva del contribuente.

Esempio 3 – Costo del mancato pagamento nei 60 giorni

Un professionista riceve una comunicazione dalla quale emerge:

IVA dovuta: € 30.000.

Sanzione piena:

30.000 × 120% = 36.000 euro.

Ipotizziamo, esclusivamente per rendere confrontabile l’esempio, interessi calcolati su un periodo equivalente a un anno.

In assenza della definizione:

interessi al 4%: 30.000 × 4% = 1.200 euro.

Totale indicativo:

30.000 + 36.000 + 1.200 = 67.200 euro.

Se invece il contribuente paga nei 60 giorni:

sanzione ridotta:

36.000 ÷ 3 = 12.000 euro.

Ipotizzando sempre, ai soli fini dell’esempio, un periodo annuale:

interessi al 3,5%: 30.000 × 3,5% = 1.050 euro.

Totale:

30.000 + 12.000 + 1.050 = 43.050 euro.

Differenza:

67.200 – 43.050 = 24.150 euro.

Nella realtà gli interessi devono naturalmente essere calcolati per il periodo effettivamente previsto dalla disciplina; l’esempio serve a evidenziare l’impatto della riduzione della sanzione, che costituisce la componente economicamente più significativa. Le aliquote del 120%, del 4%, nonché la riduzione a un terzo e il 3,5% nel pagamento tempestivo, sono espressamente richiamate nelle motivazioni del Provvedimento del 28 agosto 2026. 

Conclusioni

Il nuovo articolo 54-bis.1 del D.P.R. n. 633/1972 segna un passaggio importante nell’evoluzione dei controlli IVA: l’assenza della dichiarazione annuale non impedisce più all’Agenzia delle Entrate di determinare rapidamente il debito sulla base delle informazioni digitali già disponibili.

Il Provvedimento n. 239129 del 28 agosto 2026 ha reso concreta la procedura individuando dati utilizzabili, modalità di comunicazione, termini per il contribuente e regole di riscossione. 

Fatture elettroniche, corrispettivi telematici, LIPE e F24 diventano quindi parti di un unico sistema di controllo. L’Amministrazione è in grado di ricostruire:

quanto è stato fatturato, quanta IVA è risultata dalle operazioni passive, quanto è stato liquidato periodicamente e quanto è stato effettivamente versato.

La vera attenzione deve però concentrarsi sulla fase successiva alla comunicazione.

I 60 giorni non rappresentano soltanto il termine per pagare. Sono la finestra entro la quale il contribuente può verificare l’elaborazione dell’Agenzia, segnalare elementi mancanti o erroneamente valutati e chiedere una rideterminazione della pretesa. 

È particolarmente importante effettuare tale verifica quando esistono crediti IVA provenienti dall’anno precedente, poiché il provvedimento esclude espressamente che vengano considerati automaticamente nella prima liquidazione. Allo stesso modo devono essere controllate note di credito, fatture duplicate, operazioni particolari e versamenti eventualmente non correttamente acquisiti.

Quando, terminata la riconciliazione, il debito risulta effettivamente dovuto, il pagamento entro 60 giorni può ridurre la sanzione dal 120% al 40% dell’imposta, con interessi nella misura indicata per la definizione tempestiva. 

La scelta finanziaria deve però essere programmata attentamente perché la nuova procedura non consente la compensazione e non ammette la rateizzazione prevista per le ordinarie comunicazioni di irregolarità. 

In caso contrario, il mancato pagamento comporta l’iscrizione diretta a ruolo dell’imposta, della sanzione piena e degli interessi.

La conseguenza operativa è evidente: nella gestione IVA non è più sufficiente controllare soltanto se la dichiarazione sia stata materialmente trasmessa. Occorre garantire la piena coerenza tra dichiarazione annuale, fatturazione elettronica, corrispettivi, LIPE, registri IVA e versamenti F24.

Con l’utilizzo sistematico delle banche dati fiscali, infatti, l’omissione dichiarativa non nasconde più l’operazione al Fisco: rischia, al contrario, di lasciare all’algoritmo dell’Amministrazione il compito di ricostruirla.